Poste de doctorant en pathologie computationnelle et analyse d'images (13076-RE-210-2026)

CHUV - Centre Hospitalier Universitaire Vaudois Lausanne

Le CHUV ouvre une position de doctorat en pathologie computationnelle. Cette opportunité unique combine recherche, collaboration et innovation.TâchesDévelopper des algorithmes d'analyse d'images pour le diagnostic.Collaborer avec des pathologistes pour l'annotation des données.Contribuer à la rédaction de publications scientifiques.CompétencesMaster en informatique, ingénierie biomédicale ou domaine connexe.Compétences en programmation, notamment en Python.Expérience en apprentissage profond et analyse d'images médicales.RecherchePoste de doctorant en pathologie computationnelle et analyse d'imagesL'Institut de Pathologie, au Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) ouvre un poste de doctorant avec une date de début au 1er avril 2026 :ContexteLe Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) est l'un des cinq hôpitaux universitaires suisses. Grâce à sa collaboration avec la Faculté de biologie et de médecine de l'Université de Lausanne et l'EPFL, le CHUV joue un rôle de premier plan dans les domaines des soins médicaux, de la recherche médicale et de la formation.Nous invitons les candidatures pour un poste de doctorant entièrement financé axé sur la pathologie computationnelle, avec un accent particulier sur l'analyse des images de lames entières (WSI) pour distinguer entre plusieurs tumeurs pulmonaires primaires et une maladie métastatique. Le candidat retenu rejoindra une équipe interdisciplinaire dynamique travaillant à l'intersection de la pathologie, des sciences computationnelles et de l'apprentissage automatique.Cette recherche contribuera à améliorer la précision diagnostique en oncologie thoracique en développant de nouvelles méthodes computationnelles basées sur l'image pour soutenir la prise de décision dans des scénarios cliniques complexes où plusieurs lésions pulmonaires sont présentes. Le projet exploitera des images d'histopathologie numérique et des métadonnées cliniques associées pour construire des algorithmes robustes et interprétables pour la classification, la comparaison et la caractérisation des tumeurs.L'étudiant en doctorat sera co-encadré par des professeurs experts en pathologie, apprentissage automatique et analyse d'images biomédicales, et aura l'opportunité de contribuer à des publications à fort impact et à la recherche translationnelle.MissionDévelopper des algorithmes d'analyse d'images pour différencier plusieurs tumeurs pulmonaires primaires des métastases intrapulmonaires en utilisant les WSIConcevoir des expériences computationnelles pour valider et évaluer les algorithmes sur des ensembles de données annotés par des expertsContribuer au développement d'outils interprétables intégrés aux flux cliniques et soutenant le diagnostic de précisionResponsabilités clésPrétraitement et annotation des WSIPrétraiter de grands ensembles de données d'histopathologie (par exemple, normalisation des colorations, découpage en tuiles, suppression des artefacts)Collaborer avec les pathologistes pour l'annotation des régions et l'étiquetage de la vérité terrainDéveloppement d'algorithmesConcevoir et implémenter des pipelines d'apprentissage automatique (par exemple, CNN, modèles basés sur des graphes, extracteurs de caractéristiques au niveau des patchs) pour la différenciation des tumeursDévelopper des métriques de similarité ou des embeddings appris pour comparer les tumeurs entre les lames ou au sein des patientsConception expérimentale et validationRéaliser des expériences rigoureuses pour évaluer la précision diagnostique, la reproductibilité et la généralisabilité des modèlesAnalyser les résultats statistiquement et en collaboration avec des experts cliniquesCommunication scientifiqueContribuer à la rédaction de manuscrits scientifiques, présentations en conférence et rapports d'avancementParticiper aux réunions de recherche interdisciplinaires et aux sessions de planification collaborativeSoutien aux outils et collaborationDévelopper un code modulaire et bien documenté ainsi que des interfaces pour faciliter l'utilisation par d'autres chercheurs ou collaborateursEncadrer des étudiants de premier cycle ou des membres juniors du laboratoire sur les aspects de préparation des données et développement de modèlesDéveloppement professionnelSe tenir à jour avec la littérature de pointe en pathologie computationnelle, apprentissage profond et diagnostics du cancer du poumonAssister à des conférences scientifiques et ateliers de formationProfilMaster en informatique, génie biomédical, génie électrique, mathématiques appliquées ou domaine connexeSolide maîtrise de la programmation en Python et expérience avec des bibliothèques de calcul scientifique (par exemple, NumPy, SciPy, scikit-image)Expérience avec les données d'histopathologie numérique ou autres grands ensembles d'imagesFamiliarité avec les frameworks d'apprentissage profond (par exemple, PyTorch ou TensorFlow)Travaux antérieurs impliquant classification, segmentation ou analyse de similarité en imagerie médicale ou histologieExpérience avec les bibliothèques de gestion d'images de lames entières (par exemple, OpenSlide, SlideIO)Compréhension des caractéristiques histopathologiques pertinentes pour le cancer du poumon (par exemple, architecture tumorale, morphologie cellulaire)Excellentes compétences en communication et capacité à travailler dans un environnement collaboratif et multidisciplinaire.Nous offronsDevenir employé du Centre Hospitalier Universitaire de renommée mondiale du Canton de Vaud est une garantie de :Avantages sociaux de premier ordre tels qu'un congé de paternité de 20 jours et un congé de maternité de 4 mois (possibilité également d'obtenir un congé d'allaitement complémentaire d'1 mois) ;Progression salariale régulière adaptée à vos responsabilités ;Droit à au moins trois jours de formation par an, en accédant à une large offre de cours non seulement du Centre de Formation du CHUV mais aussi de prestataires externes ;Possibilité d'accéder à l'un des 500 appartements meublés proposés dans les quartiers environnants en cas de déménagement en Suisse ;Réductions proposées sur les événements sociaux et culturels, goodies et autres services, grâce à l'association « H-Oxygène » ;Inscription à notre Plan Mobilité et bénéficier de différents avantages (réductions sur les transports publics, promotion de la flotte de voitures « Mobilité » et réductions sur les vélos électriques) ;Possibilité de profiter de nos restaurants d'entreprise de haute qualité, situés dans chaque bâtiment hospitalier, avec une réduction pour les employés.Contact et envoi de candidaturePersonne de contact en cas de questions sur ce poste : Prof. Sabina Berezowska, au 021 314 72 11.Toutes nos candidatures sont traitées électroniquement. Pour cette raison, nous vous demandons de postuler exclusivement en cliquant sur le bouton POSTULER en bas de l'annonce.En cas de problème avec votre candidature, vous pouvez consulter notre document "comment postuler en ligne". En cas de problème technique, vous pouvez contacter notre équipe de recrutement qui vous aidera (e.recrutement@chuv.ch / +41 21 314 85 70)Le CHUV applique les exigences de qualité les plus élevées dans le cadre de son processus de recrutement. De plus, soucieux de promouvoir la diversité et l'inclusion au travail, nous nous efforçons d'assurer un traitement égal et d'éviter toute discrimination. Nous attendons votre candidature avec impatience.Nous souhaitons informer les agences de recrutement externes que toute candidature insérée directement sur notre plateforme de recrutement ne sera pas acceptée et ne pourra pas être facturée. Merci de votre compréhension.